公司始终以科技创新为主体，通过技术攻关、科技创新，在一些主要领域取得了丰硕的成果，先后承担国家、省部项目三十余项。

公司近年来完成科技成果百余项，先后牵头制定了木糖（GB/T 23532—2009）、木糖醇（GB 13509—2005）、麦芽糖醇和麦芽糖醇液（GB 28307-2012）、L-阿拉伯糖（QB/T 4321-2012）等国家和行业标准4项。

获得多项发明专利。

获得国家重点新产品4项，为FCC E967木糖醇、共晶体木糖醇、高纯度结晶果糖和高纯度结晶L-阿拉伯糖。

获得省部级奖励20余项，如利用顺序式模拟移动床技术制备结晶果糖、色谱层析分离法制备L-阿拉伯糖技术、L-核糖的研制等获山东省科技进步三等奖，从木糖母液中提取卫茅醇获山东省技术发明三等奖、利用纯度为45%-50%的麦芽糖制取晶体麦芽糖醇的方法和一种结晶木糖醇粉的制备方法获山东省专利奖三等奖，戊糖醇裂解制备低分子多元醇技术研究获中国轻工业联合会科技进步三等奖，食品添加剂生产及综合利用新技术研究与开发——木糖母液异构法制备D-核糖技术获中国食品工业协会科学技术二等奖，植物纤维废渣生物炼制燃料乙醇的中试生产获山东省技术创新优秀成果二等奖等。

福田药业公司是中国专利山东明星企业，具有多项核心技术自主知识产权。公司研究成果积极申报专利，建立了完善的知识产权保护体系。制定了《山东福田药业有限公司专利管理实施办法》，专人负责专利管理工作。